人称日本警察之救世主的高中生侦探工藤新一在与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时（第一集“云霄飞车杀人事件”）不经意地发现行踪可疑的黑衣男子。好奇的新一于是尾随跟踪，并目睹了黑衣男子正在进行可疑交易。不料，却被另一名黑衣男子（琴酒）在背后击晕，并被强行灌下一种名为APTX-4869的毒药，致使身体变小。为了不让身边的人受到波及，工藤新一不得已隐藏了自己还活着的事实。在情急之下，工藤新一受到《福尔摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道尔”和“江户川乱步”名字的启发，改名为“江户川柯南”。为了在不暴露真实身份的情况下调查黑衣男子神秘组织的下落，工藤新一便寄住在毛利兰的家中，想借助以侦探为职业的毛利兰的父亲毛利小五郎来找寻黑衣组织。不料，毛利小五郎经常做一些“发育不良”的错误推理。作为侦探，柯南实在看不下去，帮助小五郎大叔破了许多案子，大叔得以名声大震，成为“沉睡的小五郎”，并继续追踪黑衣组织及其成员。

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这个世界上生活着各种各样的神奇宝贝，它们与人类共存着。在主人公所居住的真新镇，只要满10周岁就有资格使用宠物小精灵了。 小智是一个非常喜欢宠物小精灵的少年。他对于宠物小精灵有着超出常人的旺盛好奇心，比起其他同龄的孩子们也有着更为丰富的宠物小精灵知识。 等了又等，小智终于10岁了。为了成为宠物小精灵训练家而开始修行之旅的日子终于到来。结伴旅行的最初的宠物小精灵可以从镇上的研究家大木博士那里得到。小智预先决定好想要得到的宠物小精灵后，却在重要的出发当天因为睡懒觉而迟到，他想要的宠物小精灵都被已经开始旅行的前面3位少年拿走了，为此小智还遭到了劲敌小茂的嘲笑。于是小智只好选择了剩下的第4个精灵球。精灵球里装的是叫做皮卡丘的电气系宠物小精灵，是一只不会被人轻易驯服的小家伙。 就这样，小智和皮卡丘出发了。不过，正如预料的那样，皮卡丘不肯听小智的话，也不愿意进入精灵球中。这个时候，小智和皮卡丘遭到了一大群野生宠物小精灵烈雀的袭击。皮卡丘受了伤生命垂危，小智拼命的保护皮卡丘。为了回应小智的心意，皮卡丘用尽最后的力量用10万伏特的电击攻击将烈雀群驱逐。就这样，小智和皮卡丘的友情之旅开始了。

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圣夜学园五年级的亚梦被谣传为十分厉害的小学生，大家都认为她是个酷毙火辣的女孩，觉得她帅呆了。实际上外表冷漠的她是个不善言辞、活泼的女孩，为了掩饰自己还经常以冷淡的语言来掩盖自己的怯弱。终于亚梦决定正视自己并祈求守护灵能赐予她改变自己的勇气。令她感到吃惊的是第二天床上出现了三只守护蛋，这三只守护蛋帮助亚梦改变自我。 　　另一方面，学校里有一支被称作“守护者”的队伍。他们有着处理学校各种各样事务的任务和能力，还有很多特权。许多人把他们当作偶像。虽然他们表面上非常风光，可是实际上他们也有着无法推卸的责任，和必须进行斗争的敌人——复活社展开战斗，寻找传说中的，能实现任何愿望的魔法蛋——胚胎……

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