在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为A... 全部专辑信息>>

简介：　　在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为Adam（亚当）与Lilith（利利斯），Adam是雄体而Lilith是雌体的最高形式生物。在他们“禁断的融合”后Lilith产生了一个“Lilith之卵即黑之月”，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。生命之树从此也不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根根须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。Adam、Lilith及三到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定的....... 时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道......公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制Adam是至关重要的，因为遗传因子都从Adam而出（所以Adam也称作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回归Lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂得到拯救呵呵）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
　　为此目的，秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为GEHIRUN（意为大脑），以后改称为NERV（意为神经）。Seele在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的研究报告引起了形而上生物学教授冬月的注意。同时注意她的还有一心要往上爬的六分仪源度，只用了几个月时间他就把唯泡到手，并由此也进入了Seele组织成为第十三位成员（这个数字注定他是背叛的犹大）。随着研究的深入，Seele在2000年向南极派遣了葛城考察队，但其中只有源度一人知道考察的最终目的.......
　　上帝说，我会回来的，当我回来时，我要毁灭这个世界！ 诺亚遵从上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命从大洪水中存活了下来。这次大洪水是上帝的惩罚，被称为第一次冲击。从考古学的角度来说，远古确实有过一次毁灭了世界上大部分人口和许多史前文明的大洪水，并留存于世界上各个民族的传说中。
　　公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
　　一无所知的葛城继续他的分离实验，甚至将自己的女儿也带在身边。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡携带资料离开南极，第二天实验便以一场大爆炸告终。强大的反ATField力唤醒了Adam，即那张模糊的照片上发出白光的巨人，它张开的巨大翅膀覆盖了整个南半球，魔鬼般的咆哮声中南极化为一片血海，巨大的海啸数小时内就淹没了大片陆地，使数以亿计的人丧生。在这场末日灾难中，只有葛城美理被其父亲奋力解救逃脱，碇源渡随后返回南极顺便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、只有朗基奴斯枪被留了下来（患上失语症的葛城美理被关在一艘南极考察船上近两年，似乎回收工作持续时间很长）。第二次冲击引起的连锁灾难直到2002年才渐趋平静下来。地球上的气候也变得怪异，如日本就变成全年皆夏，无论何时都听到蝉的叫声，这恐怕是因为地轴偏转的缘故。
　　Seele从死海文书中知道第二次冲击唤醒的不光是第二使徒，实际上所有使徒都已苏醒，只是它们还需要一段时间来积蓄能量（第二使徒就是因为能量不足而被制服）。Seele经过调查还发现，冲击发生那一天有一个孩子诞生时有奇怪的现象伴随发生，这个孩子的名字叫做渚薰，于是连忙将他监控起来。这个孩子尽管被教育成非常有修养有魅力的人，但是他时时刻刻都没有忘记自己的真实身份与诞生目的，那是他自由与死亡的宿命.......... 亚当问上帝，为什么世间万物独有我如此孤独？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。 公元1997年2月23日，生物进化史上第一只体细胞无性克隆哺乳动物多莉羊诞生。
　　人类对自己手中拥有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝宝座的誓言：
　　God's in his heaven,all rights with the world！——Seele座右铭
　　公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师，父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦，在长大后仍不断跃出脑海......
　　但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。第二次冲击后，位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内，成百万吨的沙土被移走，地表中装置了二十二层装甲防护，可谓是固若金汤，人类进化研究所就以此为基地，Lilith则被钉在了更深地层下的中央教条区中。作为人类补完计划的补助，平行实行了E计划，从南极运来的已经失去S^2机关的第二使徒被装上了拘束装甲，成为人类未来补完的重要工具——EVA初号机，并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步的EVA便无法使用，唯一的办法是提取Lilith的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人，并使其听命于人类。
　　与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击，于是利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。源渡对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案，将零号机克隆人的Lilith灵魂物质中掺入碇唯的粒子体，甚至使其相貌也模 马 唯，这一制造过程是通过Dummy System实现的，通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身，分享同一个灵魂。于是，The First Children——零号机专属驾驶员——凌波丽诞生了。绝对服从源渡的她，将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命，而被利用完毕的赤木博士也随之自杀身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员，她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神分裂，其女明日香则被选为The Second Children——建造中的二号机专属驾驶员。对源渡来说二号机难以控制，甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量，因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为The Third Children却必然招至Seele反对，因此源渡不得不耐心等待机会。
　　公元2015年6月14日下午12时30分，第三使徒出现，向人类的要塞都市——第三新东京市袭来，关东滨海区全戒严，战略自卫队机甲部队及N2雷（即No Nuclear无核武器，但威力不亚于核炸弹）攻击均宣告无效。源渡的机会终于到了，真嗣正在前来NERV的路上...........