上旬，某日上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。 　　律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。 　　同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源堂宣报全员进入第1战斗态... 全部专辑信息>>

简介：上旬，某日上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。
　　律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。
　　同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源堂宣报全员进入第1战斗态势。
　　第三新东京市遭到N^2爆雷疯狂轰炸，连同天顶都市消失。
　　7时23分23秒，于46通道发现真嗣。美理出发救援。 明日香被运往贰号机，发射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，并带真嗣往初号机而去。
　　明日香觉醒，向战自发动反击。 美理在第6紧急电梯入口被枪击受伤。 美理对真治献出最后一吻，之后真治乘电梯到第7收容处。
　　约2分钟后，律子意图执行自爆系统，但失败。
　　2分钟后，贰号机大战EVA量产机。
　　美理被炸死，享年29岁。
　　律子被源堂枪杀身亡，享年31岁。 源堂意图令ADAM与LILITH融合。
　　贰号机击败EVA量产机，电源用尽， EVA量产机再起动，并将贰号机肢解。
　　初号机自行启动，真嗣乘坐其中。朗基奴斯之枪从大气层飞回初号机前。“仪式”开始进行。
　　EVA量产机在初号机身上刻上圣痕，与初号机形成了Tree of Sephirot。
　　S^2机关解放，释放高能量爆炸，战自大队全灭。
　　地下都市回归真实面貌，LILITH之卵，黑之月出现。
　　第18使徒出现。零背叛源堂，自行和LILITH融合，源堂失去右手。
　　EVA量产机与零同化。真嗣心理图混乱。初号机与朗基奴斯之枪同化，形成生命之树。反AT力场增大，生物已无法保持形态。补完计划最后阶段。灵魂之屋开启，全人类形体化成LCL。真嗣放弃补完计划，走出第18使徒。
　　最后，地球出现生命之海。真嗣和明日香存活于世。

“人是无法永远战胜孤独的，所以才需要朋友。”他的内心希得到充实，希望与人以精神上纯洁的交流，但又害怕被人伤害。这种心理是现在的社会上所普遍存在的。陌生人的不理不睬，朋友的离开甚至是背叛，这都让我们那刹那间感到郁闷，彷徨，无助乃至痛苦。而真嗣正是将这种心理扩大，他总是感到自己永远是一个人，生活这个概念，在他的脑海中已经十分模糊。
在最后真嗣的心理活动中，充斥着暴力，性冲动，人类无穷无尽的欲望。他在那一刹那间感到了人类的黑暗面的罪恶，丑陋。对于这些事情，他又觉得自己没有能力去改变什么，既然没办法改变，就毁灭它吧，存在与死亡，对他都是无所谓的，同时觉得所有人的存在也已经无所谓了。这正是他的那种孤独，希望交流又怕被伤害的心理用画面完美地表现出来。他在为他的懦弱寻找借口，导致到一个无法自拔的地步。
但最终他醒悟了，在最后的最后，突然出现了一个声音。至于这个声音，我也没办法准确地告诉你是谁的声音，有人说是真嗣母亲的声音，有人说是真嗣良知的声音，也有人说是上帝的声音，不过是什么声音已经不重要了。它一步一步将真嗣引导向美好的一面，在他醒过来的时候，他意识到，他在乡村时和母亲那单纯而幸福的生活，还有他到中学后的这些朋友，明日香，丽，诸薰，等等，他们都是那么真实的存在，他确实与他们相处过，他们给过他快乐，这份快乐永远地在他的心上留下印记。这才让他知道，虽然人与人相处，会伤害对方，但是重要的不是这一点，在交流中得到的快乐与幸福，才是最宝贵的。
至于真嗣为什么想要掐死明日香，这是因为他的内心还不坚定，他仍有害怕被人伤害的心理，这也最终正是考验他的时候，是将明日香杀死，这样就再也不必害怕受到伤害（全世界只剩他们两个），还是勇敢地接受，去了解那未知的，可能伤害他但又是人所拥有的快乐的世界？
但这是，明日香却用手轻轻抚摸真嗣的脸，让真嗣明白到明日香――这个全人类的代表，面对着想要杀死自己的真嗣，却仍在关心他，感受到人性的美好，有了生存的勇气。
而明日香，在真嗣明白人性的美好前，似乎是没有意识的。那用手抚摸真嗣，我猜应该是明日香的潜意识―――其实她从之前就爱上了真嗣，只是真嗣没发觉而已。
剧场版的最后，全世界只剩下真嗣与明日香，看似一个悲剧，但实际上，新的世界诞生了，如此一看，真嗣和明日香才是亚当和夏娃，又或许是神――经历了劫难后明白了生命的真谛。无论如何，新的世界正等着他们去创造。